La transformación y degradación del complejo de humedales del Lipa se evidencia en la fuerte reducción o desaparición de la pesca, la caza y los recursos forestales, así como en la perdida de los valores paisajísticos de la llanura de inundación y su función como zona de amortiguación de las crecientes durante el periodo invernal. La desaparición de la “laguna del Lipa” a partir de la década de 1980, cuyo centro correspondería hoy con el Estero Mayor del Lipa, es un triste recuerdo de lo que habría sido una región rebosante de biodiversidad.
Por un lado, es preciso reconocer que la deforestación asociada a la expansión de la frontera agrícola, así como la modificación de la red de ríos y caños que alimentaba al Lipa, se iniciaron a mediados del siglo XX por el proceso colonizador y han sido continuadas en cierto grado por la actividad petrolera a partir de la década de 1980 (IDEAM, 2000).
De otro lado, la operación petrolera es responsable de otro tipo de afectaciones ambientales como las causadas los gigantescos vertimientos de desechos industriales a las fuentes hídricas y las emisiones de Gases de Efecto Invernadero, que ocurren diariamente desde 1986. Así, por ejemplo, en 1990 se descargaron 211,2 toneladas (t) de grasas y aceites en el sistema hidrológico de la zona, y se emitieron 274.900 t de CO2 y 4.280 t SO2 (IDEAM, 2000, p. 157, 171). En el año de 2016, el complejo Caño Limón vertió en promedio un volumen equivalente a 121 piscinas olímpicas diarias de aguas de desecho a los esteros Agua Verde y La Conquista, al norte del Estero del Lipa (a partir de Corporinoquia, CT No. 500.10.16-1565 de 18-NOV-2016, p.17). Las comunidades señalan que producto de la contaminación generada, la biodiversidad del Lipa desapareció en gran medida, y análisis recientes de Corporinoquia han detectado altos niveles de bario (9.57 mg/L y 2,1 mg/L) en aguas y suelos de los Esteros del Lipa así como contaminación por hidrocarburos (Corporinoquia, CT 700.10.1.17.0528 de 2017; Corporinoquia, Auto 200.6-18.4148 de 2018, p.22, 25).
Actualmente, el flujo reducido de agua que ingresa al Lipa, sumado a la contaminación petrolera y a las escorrentías agrícolas, han contribuido a los procesos de eutrofización, estimulando la proliferación de macrófitas que cubre casi completamente los espejos de agua, y llevando a valores mínimos los niveles de oxígeno disuelto mientras que, a simple vista, continúa la tala de bosques de galería, la quema en las zonas de fluctuación del estero y el avance de los arrozales sobre los humedales (ver OXY, 2010, p.50, 87-88; ANLA, CT 4703 de 28-SEP-2017, p.24, 33; Corporinoquia, CT 500.8.2.18-0426 de 08-JUN-2018, p.27).