Con el paso de Arauca de intendencia a departamento, durante la década de 1990, el Frente Domingo Laín del ELN mantuvo una importante influencia en la administración pública de la región del Sarare. Con la fuerza de sus bases y el apoyo popular ganado por acciones como la exigencia de obras por parte de las petroleras y acuerdos de inversión social con los mandatarios locales, el ELN logró cooptar en una medida importante la administración departamental –así como los recursos provenientes de las regalías petroleras– en la década de 1990. La actividad militar del grupo armado se incrementó entre 1995 y el año 2000, principalmente en Saravena, Arauquita, Tame y Fortul (CNAI, 2012).

Durante la década del 2000, los cultivos de coca y su tráfico facilitado por las condiciones de la frontera con Venezuela fueron un impulsor del conflicto y las disputas territoriales entre los grupos guerrilleros y paramilitares (FIP, USAID y OIM, 2014, p.15). En Arauquita, los atentados al oleoducto Caño Limón – Coveñas se concentraron entre los años 1997 y 2003, con 208 atentados (Ecopetrol, 2020). Sin embargo, pese al repliegue de las guerrillas en el departamento, producto de la implementación del “Plan Colombia” y de la incursión paramilitar del Bloque Vencedores de Arauca de las AUC proveniente del Casanare, a inicios de la década del 2000 (CNAI, 2012; FIP, USAID y OIM, 2014, p.16, 18), entre 2007 y 2020 se registraron 73 atentados a dicha infraestructura en los municipios de Arauca y Arauquita (MinDefensa, 2020).

Aunque a partir de 2008 el cultivo de coca en el departamento se redujo drásticamente, llegando a cero en 2019 y 2020 (ODC, 2022), el conflicto armado se ha recrudecido desde 2017 por las disputas territoriales asociadas al narcotráfico entre las disidencias de las FARC (“Comando Conjunto de Oriente”), el ELN y las Bandas Criminales, dejando a la población civil en medio del fuego cruzado y profundizando la inestabilidad y la crisis humanitaria en la frontera binacional (Medina-Gallego, 2022).