Sin embargo, el Acuerdo ha sido objeto de varias demandas como la interpuesta por la Agencia Nacional de Minería (ANM) en 2019 que, a la luz de las Sentencias SU-095 de 2018 y SU-411 de 2020 de la Corte Constitucional, argumentó que a los entes territoriales no les asiste un poder de veto unilateral respecto de las actividades exploratorias y extractivas de los recursos naturales no renovables, lo cual anularía el principio del Estado Unitario. 

 Las pretensiones de los demandantes han sido denegadas por los Juzgados Administrativos de Mocoa, al concluir que “los municipios pueden prohibir la actividad minero-energética en sus territorios en ejercicio de sus competencias de protección del medio ambiente y reglamentación del uso del suelo” (Asoc. Minga, 2022). Y de igual modo, fue rechazado por improcedente el recurso de reposición y súplica interpuesto por la ANM ante el Consejo de Estado en sentencia de 18-NOV-2021.